Η Θεοδώρα Παπαϊωάννου διαθέτει Διδακτορικό Δίπλωμα και Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης του Παιδαγωγικού Τμήματος Δημοτικής Εκπαίδευσης Πανεπιστημίου Θεσσαλίας. Έχει πραγματοποιήσει εισηγήσεις στο Πρόγραμμα Προπτυχιακών Σπουδών του ΠΤΠΕ του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας, στο Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών του ΠΤΠΕ του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας και στο Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών του ΤΘΣ του Πανεπιστημίου Πελοποννήσου. Υπήρξε επιμορφώτρια των εκπαιδευτικών Α/θμιας Εκπαίδευσης στα νέα διδακτικά βιβλία και σε σεμινάριο του ΟΕΠΕΚ. Έχει πραγματοποιήσει επιστημονικές δραστηριότητες ως εισηγήτρια σε Συνέδριο του ΠΤΔΕ του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας, σε Συνέδριο του ΠΤΔΕ του Πανεπιστημίου Πατρών, σε Διεθνές Συνέδριο με τίτλο “A Comparative Analysis of Folk Tales: A Multicultural Perspective” στο Gazi University και σε συνέδρια υποψηφίων διδακτόρων του ΤΘΣ του Πανεπιστημίου Πελοποννήσου. Παράλληλα έχει δημοσιευτεί η πτυχιακή της εργασίας σε συλλογικό τόμο του Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών του ΠΤΔΕ του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας, η εισήγησή της στα πρακτικά του συλλογικού τόμου του συνεδρίου ‘’A Multicultural Perspective” στο Gazi University, η πιλοτική έρευνα της διατριβής της, καθώς και άρθρα στο Iridium ερευνών του ΤΘΣ Πανεπιστημίου Πελοποννήσου.